یکی از رویاهای ناکام و به گوربردهٔ خمینی، قلع و قمع مجاهدین تا نفر آخر بود. او می‌خواست این قتل‌عام را طوری ترتیب دهد که هیچ نشانه و آثاری از مجاهدین بر جای باقی نماند؛ گویی هرگز نبوده‌اند. وقتی قاضی‌القضات وقت، موسوی اردبیلی در اجرای این حکم جنایت‌بار به سکسکه و تردید افتاد، پاسخ خمینی به او این بود:
«هر کس در هر مرحله اگر بر سر نفاق باشد حکمش اعدام است. سریعاً دشمنان اسلام را نابود کنید!»
پیش‌تر از آن نیز حکم مجاهدین از منظر این رژیم و شکنجه‌گران و تیرخلاص‌زنندگان آن مشخص بود.
علی فلاحیان در مصاحبه با حسین دهباشی به آن اعتراف کرد: «اعدام، حکم ولایی امام بود برای مجاهدین چه قبل جریان ۶۷ و چه بعدش»
