روز سیزدهم تیرماه سال ۱۳۷۳ اعلام شد که جسد کشیش مهدی دیباج در جنگلی در حومه تهران پیدا شده است.
این قتل فجیع به‌دنبال قتل اسقف میکائیلیان که دو روز قبل از وی جسدش پیدا شده بود، انظار جهانیان را به وحشیگری حکومت آخوندی نسبت به پیروان سایر ادیان جلب نمود.
مسئول شورای ملی مقاومت، آقای مسعود رجوی ترور میکائیلیان وقتل کشیش دیباج را به‌شدت محکوم کرد و تسلیتهای عمیق خود و مقاومت ایران را به خانواده این شهیدان، وهموطنان مسیحی و پیروان آیین مسیحیت در سراسر دنیا ابراز داشت.
روز ۱۳ آذر سال ۱۳۷۷ اکبر گنجی طی مقاله‌یی در روزنامه آریا نوشت:
وزارت اطلاعات، کشیشان مسیحی که ”نظام سیاسی ما” را قبول نداشتند، به‌قتل رساند و به ”گردن مجاهدین”، انداخت. استدلال وزارت اطلاعات این بود که این‌کار، ”ما را از روحانیون مسیحی خلاص می‌کرد و در ضمن سازمان مجاهدین را بی‌آبروترمی‌کرد”.
پیش از آن نیز عبدالله نوری عضو مجمع تشخیص مصلحت و وزیر سابق کشور و شمار دیگری ازمطبوعات رژیم صراحتاً اعتراف کردند که قتل فجیع سه کشیش و مثله‌کردن آنها توسط وزارت اطلاعات انجام شده است.
کشتارمسیحیان ایران ـ دفاعیه کشیش مهدی دیباج در بیدادگاه
